بعد تدمير العالم الملعون وإنقاذ نينجاغو، أصبح النينجا أكثر شهرة. ولكن عليهم أن يكونوا حذرين مما يتمنون لأن هناك شر جديد قد تحرر يدعى نادخان الجن وبدأ عصر جديد من القرصنة.

يجب أن يعلم النينجا كل ما يستطيعون حول نادخان قبل أن يجد بلورة العالم، ولكن بعد أن وصف العالم الذي اعتادوا حمايته النينجا بأنهم أعداء، يجد أبطالنا أنفسهم مطاردين من قبل صديقهم القديم، رونان.

النينجا المسجونون ظلماً هم في أدنى مستوى، لكنهم يجدون صديق غير متوقع في عدو قديم. في غضون ذلك، ينقذ نادخان طاقمه الذي تقطعت به السبل ويكتسب شهرة جديدة، إلى جانب خطة غامضة جديدة.

يصبح النينجا في طريق صعب لإيجاد خريطة توقف نادخان، ويجب عليهم العثور عليه أولاً. في هذه الأثناء، يتمنى جاي أمنية تغير مستقبله، ولكن هذا قد يغير ماضيه إلى أجل غير مسمى.

يسافر النينجا إلى جزيرة تايغر ويدو للحصول على السم من أرملة العنكبوت النمر لاستخدامه ضد نادخان. تتغير الخطة عندما يتدخل نادخان و القراصنة.

يجب على جاي أن يفعل ما يلزم للهروب من براثن نادخان بينما يحاول باقي النينجا النجاة والهروب من جزيرة تايغر ويدو.

ينجح آخر نينجا متبقيين بالتسلل إلى سكاي بايرتس في محاولة منهم لإنقاذ جاي وهزيمة نادخان إلى الأبد.

عندما يتم وضع النينجا الأخيرين تحت الحراسة في مكان لا يجرؤ أحد على النظر إليه، يكتشف قراصنة سكاي مكان وجودهم ويهاجمون بحثاً عن الشخص الذي يمتلك القوة لتحرير قوة آزاد الكاملة.

يطلب النينجا المتبقيين المساعدة من الحلفاء القدامى من أجل منع حفل زفاف نادخان الاحتفالي وإيجاد مكان بقية أصدقائه.

ينطلق النينجا لإنقاذ نيا، لكنهم تأخروا، لقد اكتمل زفاف نادخان. عندما يكتسب نادخان أمنيات لا حصر لها، يكون جاي لديه أمنية واحدة فقط.

يفتح وو محل شاي لمساعدته في تقاعده ويطلب من النينجا مساعدته في الإعلان عنه. يُطلب من لويد الذهاب في مهمة منفردة، لكنه يكتشف أنه فخ نصبته روح ملعونة تدعى مورو هربت من العالم الملعون.

يكشف وو أن الروح التي سيطرت على جسد لويد كانت تلميذه الأول، سيد الريح. ثم ينطلق النينجا في مهمة لإنقاذ لويد. قام وو وميساكو بإخبار نيا أنها تمتلك قوة لم تكن تعرف عنها.

يصل النينجا إلى ستيكس للعثور على رونين، الذي يملك مخطوطة إيرجيتزو. ويكون مورو أيضاً يبحث عن المخطوطة وهو قريب جداً من ذلك.

يصل مورو إلى المخطوطة. ويجد النينجا طريقة أخرى لمعرفة إيرجيتزو من خلال زيارة البيت المسكون لسينسي يانغ. تشك نيا في أنها هي نينجا الماء، لذلك يأخذها رونين إلى كهف سوري.

الآن بعد أن تعلم النينجا إيرجيتزو، يستعدون للبحث عن الدليل الثاني للقبر. يجب أن ينطلقوا إلى مملكة السحاب واستعادة السيف المقدس. إنه سباق ضد مورو وحلفائه الأشباح للوصول إلى مملكة السحاب قبل إغلاق البوابة.

في مملكة السحاب، حيث يتم كتابة المصير، يجب أن يحصل النينجا على السيف المقدس من خلال الاجتماع مع السيد الكاتب. لكن هروب مورو من العالم الملعون وضع المستقبل في حالة من الفوضى.

يمتلك النينجا العناصر التي يحتاجونها لقبر أول سيد سبينجيتسو، ولكن قبل أن يتمكنوا من اكتشاف اللغز الأخير الذي يؤدي إلى موقع القبر، يسرق رونان السيف ليعطيه لمورو مقابل روحه.

يستخدم النينجا سفينة رونين للسفر إلى مقبرة أول سيد سبينجيتسو، لكنهم اكتشفوا أن مورو قد سبقهم إليه. هل يمكنهم اللحاق به والتغلب على الاختبارات الصعبة والعثور على القبر قبل أن يتمكن من ذلك؟

افتتح مورو بواسطة بلورة العالم، بوابة إلى عالم ملعون وسيطرت الأشباح على مدينة ستيكس. يتخفى فريق النينجا للتسلل إلى المدينة وإحضار لويد إلى الكريستال قبل وصول سيد مورو الجديد.

يصبح لويد عالقاً في العالم الملعون ووصلت بريمينينت إلى نينجاغو. والآن على باقي النينجا إيقاف بريمنينت من لعن نينجاغو، ولكن جيشها من الأشباح يصعب المهمة عليهم.

عندما يتلقى النينجا دعوة للمشاركة في بطولة إليمانتس ودليل على أن زين قد يكون على قيد الحياة، فإنهم يقبلون ويسافرون إلى جزيرة مفقودة يملكها سيد الجريمة الشرير ماستر تشين لإنقاذ صديقهم.

يكتشف النينجا أن البطولة لا تتعلق بالمجد، بل تتعلق بسرقة تشين قوى العناصر للجميع.

لتفريق النينجا عن بعضهم البعض، يقوم تشين وكلوز بوضع جاي وكول في مواجهة بعضهما البعض.

في الجولة الأخيرة من المرحلة الأولى، يتنافس أسياد العناصر في ثاندربليد، حيث يتوجي على لويد التنافس ضد سيد الأشكال.

مع بقاء 8 أشخاص فقط في البطولة، يكتشف النينجا جاسوساً بين المتنافسين.

يستدرج تشين المتسابقين لمطاردة نيا بينما يكتشف لويد خطة تشين لسرقة سلطة الجميع حتى يتمكن من إكمال تعويذة وتحويل أتباعه إلى أناكوندراي، لإعادة حرب الثعبان.

يحتاج تشين إلى قوى لويد فقط لإكمال التعويذة ويحاول تجنيد نينجا النار من خلال وعده بالإفصاح عن أسرار تخص والديه. وطوال الوقت، يحاول لويد إنقاذ النينجا، ويضعه هذا في مواجهة مع تشين.

بينما يسيطر النينجا على الجزيرة، يكتشف تشين أن سكايلور يمكنه إكمال التعويذة. في هذه الأثناء، يجب على النينجا اكتشاف قوى التنين الخاصة بهم.

مع اكتمال تعويذة تشين، يحتاج إلى مكون واحد فقط لإكمال التحول وهو عرق الأناكوندراي الحقيقي.

بعد تشتت تحالف العناصر بين النينجاغو واكتشاف تشين كيفية جعل التعويذة دائمة، يصبح التوازن في خطر ويتخذ غارمادون موقفه الأخير ضد الشر في ممر الكبار.