بعد تدمير العالم الملعون وإنقاذ نينجاغو، أصبح النينجا أكثر شهرة. ولكن عليهم أن يكونوا حذرين مما يتمنون لأن هناك شر جديد قد تحرر يدعى نادخان الجن وبدأ عصر جديد من القرصنة.

يجب أن يعلم النينجا كل ما يستطيعون حول نادخان قبل أن يجد بلورة العالم، ولكن بعد أن وصف العالم الذي اعتادوا حمايته النينجا بأنهم أعداء، يجد أبطالنا أنفسهم مطاردين من قبل صديقهم القديم، رونان.

النينجا المسجونون ظلماً هم في أدنى مستوى، لكنهم يجدون صديق غير متوقع في عدو قديم. في غضون ذلك، ينقذ نادخان طاقمه الذي تقطعت به السبل ويكتسب شهرة جديدة، إلى جانب خطة غامضة جديدة.

يصبح النينجا في طريق صعب لإيجاد خريطة توقف نادخان، ويجب عليهم العثور عليه أولاً. في هذه الأثناء، يتمنى جاي أمنية تغير مستقبله، ولكن هذا قد يغير ماضيه إلى أجل غير مسمى.

يسافر النينجا إلى جزيرة تايغر ويدو للحصول على السم من أرملة العنكبوت النمر لاستخدامه ضد نادخان. تتغير الخطة عندما يتدخل نادخان و القراصنة.

يجب على جاي أن يفعل ما يلزم للهروب من براثن نادخان بينما يحاول باقي النينجا النجاة والهروب من جزيرة تايغر ويدو.

ينجح آخر نينجا متبقيين بالتسلل إلى سكاي بايرتس في محاولة منهم لإنقاذ جاي وهزيمة نادخان إلى الأبد.

عندما يتم وضع النينجا الأخيرين تحت الحراسة في مكان لا يجرؤ أحد على النظر إليه، يكتشف قراصنة سكاي مكان وجودهم ويهاجمون بحثاً عن الشخص الذي يمتلك القوة لتحرير قوة آزاد الكاملة.

يطلب النينجا المتبقيين المساعدة من الحلفاء القدامى من أجل منع حفل زفاف نادخان الاحتفالي وإيجاد مكان بقية أصدقائه.

ينطلق النينجا لإنقاذ نيا، لكنهم تأخروا، لقد اكتمل زفاف نادخان. عندما يكتسب نادخان أمنيات لا حصر لها، يكون جاي لديه أمنية واحدة فقط.